La idea de funcionamiento de una fosa séptica es que, con el menor flujo de agua posible, la parte sólida de los residuos se pueda depositar en ellas liberando la parte líquida.
Cuando esto ha pasado, ciertas bacterias aerobias y anaerobias actúan sobre la materia orgánica descomponiéndola en sus componentes inorgánicos y convirtiendo parte de estos sólidos en materia que es soluble en el agua.
Este sistema reduce la cantidad de materia orgánica y también alrededor del 40% de oxígeno necesario para hacerlo. Después de este proceso, el agua puede devolverse a la naturaleza con menor riesgo para la misma.
Luego, la parte sólida restante debe ser retirada cada cierto tiempo, en general, cada uno o dos años, puede que más, dependiendo del tipo de fosa que sea y del número de usuarios que la usan. Lo que se retira se debe llevara un lugar donde pueda ser tratada correctamente.